สันตศักย์ งามพิเชษฐ์ เป็นนักการเมืองท้องถิ่น เคยดำรงตำแหน่งเทศมนตรีเมืองชลบุรี ในระหว่างปี พ.ศ. 2525 จนถึง 2526 จากนั้นได้เข้าสู่งานการเมืองระดับชาติ โดยเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร ในการเลือกตั้ง พ.ศ. 2526 เป็นสมัยแรก และได้รับเลือกตั้งเป็น ส.ส. อีกหลายสมัย ต่อมาในรัฐบาลของพลเอกสุจินดา คราประยูร จึงได้รับแต่งตั้งเป็นรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงสาธารณสุข[3][4]

ใน พ.ศ. 2549 ได้รับเลือกตั้งเป็นสมาชิกวุฒิสภา จังหวัดชลบุรี กระทั่งในการเลือกตั้ง พ.ศ. 2554 ได้เข้าร่วมงานการเมืองกับ ส.ส.กลุ่มชลบุรี ในนามพรรคพลังชล โดยนายจรูญ ได้ลงสมัคร ส.ส.ระบบบัญชีรายชื่อ ลำดับที่ 1 ของพรรค[5] และได้รับแต่งตั้งเป็นประธานคณะกรรมาธิการการศาสนา ศิลปะและวัฒนธรรม สภาผู้แทนราษฎร

ในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2554 คณะรัฐมนตรีไทย คณะที่ 60​แต่งตั้งให้เป็นรองประธานกรรมการในคณะกรรมการประสานงานผู้แทนราษฎรคนที่ 8

ในการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป พ.ศ. 2557 เขาลงสมัครรับเลือกตั้งในระบบบัญชีรายชื่อของพรรคพลังชล[6] แต่การเลือกตั้งครั้งดังกล่าว เป็นโมฆะตามคำวินิจฉัยของศาลรัฐธรรมนูญ

ใน พ.ศ. 2561 สันตศักย์ พร้อมกับสมาชิกของพรรคพลังชลจำนวนหนึ่ง ย้ายไปสังกัดพรรคพลังประชารัฐ[7] ในปี 2562 เขาลงสมัครรับเลือกตั้ง ส.ส.แบบบัญชีรายชื่อ สังกัดพรรคพลังประชารัฐ ลำดับที่ 51[8] แต่ไม่ได้รับเลือกตั้ง